Chaque commission hydrographique créée est composée des délégués du Comité syndical de chaque structure territorialement concernée, en tout ou partie, par l’unité hydrographique. Le Président de la commission est élu en comité syndical et membre du Bureau de l’Entente. Elles se réunissent chacune environ une fois tous les deux ans.

La vocation des commissions est de faire émerger les programmes d’actions de l’Entente et les coordonner avec les autres acteurs Gémapiens.

Elles rassemblent les représentants des collectivités et leurs groupements de ce périmètre, compétents sur le grand cycle de l’eau (notamment les syndicats de rivières et de bassins et les CLE des SAGE), les représentants des services de l’Etat compétents (DDT, DREAL, Délégation de bassin, Service de prévision des crues), les représentants des établissements publics de l’Etat compétents (Agence de l’eau, Agence française pour la biodiversité) et les ASA, qui sont associés à titre consultatif.

Des représentants d’autres structures ou des experts peuvent aussi être conviés.

L'audition de tous les acteurs et l'articulation des programmes d'actions entre maîtres d'ouvrages, sur avis des services instructeurs et des partenaires financiers, constitue une mission socle de l'EPTB, compétent en matière d'animation et de concertation.

Avec l’appui des services de l’Entente Oise-Aisne, les commissions hydrographiques procèdent au diagnostic du territoire, examinent les pistes d’actions à mettre en œuvre, proposent au Bureau les programmes d’actions concertés et leur programmation pluriannuelle technique et financière. Ce sont donc les territoires qui procèdent aux choix d’actions locales à mettre en œuvre. Différentes thématiques y sont abordées telles que la conscience du risque, la prévision, l’alerte et la gestion de crise, l’aménagement du territoire, la vulnérabilité du territoire, la gestion de l’aléa, les ouvrages de protection et la gestion du ruissellement.