Le bassin versant de l'Oise et l'Aisne est subdivisé en 15 unités hydrographiques définis par l'Agence de l'eau Seine-Normandie. Une commission hydrographique est constituée pour chaque unité hydrographique dès lors qu'au moins un EPCI ou un syndicat mixte a transféré la compétence de Prévention des inondations à l'Entente Oise-Aisne sur une partie de cette unité.

L'Entente conduit des actions déclinées par territoires en fonction des compétences transférées. Il s'agit d'actions qui répondent à des problématiques locales comme la création d'ouvrages de protection contre les débordements de cours d'eau, les aménagements de gestion du ruissellement (coulées de boue), l'aide aux travaux sur les bâtiments pour limiter les dommages d'inondations (Inond'action), etc.